O afastamento entre ciência e religião ocorreu no final da idade média, com o movimento histórico chamado Renascimento e sua vertente racionalista, o iluminismo. O iluminismo renascentista é muito diferente daquilo que os orientais chamam de iluminação.
A iluminação é uma percepção interna, que ultrapassa os limites do pensamento, do espaço e do tempo.É a visão da realidade da vida sob o ponto de vista descondicionado do puro Ser, que está além da personalidade condicionada, que erigimos ilusoriamente como nossa identidade.
O iluminismo renascentista é a afirmação dos valores humanistas da razão e da liberdade de pensamento e de expressão, emergindo como reação aos dogmas eclesiásticos e à fé irracional.
A história humana se desenvolve através de movimentos pendulares entre extremos.
A religiosidade medieval chegou a tais extremos de afirmação de fé e cerceamento da liberdade de pensamento e de escolha, que as consciências se revoltaram e buscaram o extremo oposto: a negação de todos os valores da fé e da espiritualidade, buscando nos filósofos e artistas clássicos greco-romanos a inspiração para novas formas de pensamento e de expressão, surgindo daí uma série de movimentos artísticos e intelectuais iluministas, denominados neoclássicos, rococó, parnasianismo etc.
O iluminismo renascentista foi um humanismo, que recolocou o homem como o centro de referência do mundo, retirando o Deus dos monges e religiosos medievais de seu trono e colocando em seu lugar a “deusa da razão”.
Como sempre ocorre, os movimentos de reação distorcem e manipulam a história para justificar seus objetivos e idéias.
Embora a Grécia fosse, efetivamente, o berço do racionalismo, havia correntes profundamente místicas na Grécia antiga, a exemplo dos órficos, pitagóricos, neoplatônicos, além das instituições de mistérios de Dionísio, Elêusis e Samotrácia.
Havia, além disso, um grande fascínio dos gregos pelos mistérios egípcios, conforme relatado por historiadores gregos, como Homero e Plutarco.
Essas culturas da antiguidade tinham uma longa tradição de sacerdotes médicos e cientistas, não havendo nenhuma separação entre ciência e religião.
As primeiras tentativas de se criar um saber científico de forma independente dos mitos e da religião surgiu, sem dúvida, na Grécia, que gerou uma longa série de pensadores racionalistas independentes, começando com Thales de Mileto, Anaxágoras, Parmênides e Euclides, culminando com Aristóteles.
Com o advento do Cristianismo, aprofundou-se o fosso entre a ciência e a religião, embora se tenha registrado a existência de religiosos dedicados à ciência como Roger Bacon e Alberto Magno. Porém esses homens foram exceções e sabiam perfeitamente o limite em que poderiam expressar suas idéias sem despertar a ira do Vaticano.
A inquisição foi o ponto extremo e patológico atingido pela intolerância e pela perseguição religiosa. Milhares de pessoas foram sacrificadas na fogueira por heresia ou por simples suspeita de heresia.
Todo esse ambiente de fanatismo e intolerância que proliferou na Idade Média foi o caldo de cultura para a reação oposta em busca da liberdade de pensamento e de expressão, tornando inevitável a separação entre a ciência e a filosofia de um lado, e a religião do outro, o que efetivamente ocorreu a partir do século XVI. Essa separação foi uma das maiores causas de alienação e perplexidade de nossa época.
No século XIX, todas as pessoas cultas tendiam para o materialismo, enquanto as almas simples e emocionais tendiam para a religiosidade extrema e irrefletida.
O advento do Espiritismo, da teosofia, da Ciência Cristã e de outros movimentos místico-racionalistas foi uma primeira tentativa de unir ciência e religião em um conhecimento unificado.
A primeira tentativa de unificação partiu do terreno das religiões. Não exatamente das religiões oficiais, mas das religiões alternativas e periféricas, onde existia maior liberdade de pensamento e de expressão.
As religiões oficiais haviam-se tornado poderosas, rígidas e autoritárias, não mais servindo como veículo de expressão adequada para as verdades eternas. A renovação se fazia necessária.
Do lado da ciência, a tentativa de unificação veio por caminhos inesperados. Freud desenvolveu uma teoria sobre o inconsciente humano, em bases totalmente materialistas.
Seu principal e mais querido discípulo, Jung, divergindo do mestre, elaborou uma teoria complementar da psique humana, baseada em arquétipos, que chega muito próximo do terreno místico. Jung era um grande estudioso de mandalas, do I Ching e da Alquimia, tendo terminado sua vida como um eminente ocultista em seu casarão na Suíça, que ele chamava de “o castelo”.
Entre os grandes cientistas do século XX, Einstein e Niels Bohr tinham marcantes tendências místicas. Thomas Edson , o maior inventor de todos os tempos, era teosofista registrado. Einstein, por sua vez, chegou a afirmar que uma pequena ciência afasta de Deus, mas uma grande ciência conduz de volta a Deus.
No final do século XX, o físico, mundialmente famoso, Fritjoff Capra publicou duas obras magistrais, O Tao da Física e O Ponto de Mutação. Essas obras colocaram definitivamente a nova física em alinhamento com a espiritualidade. Muitos físicos, inspirados nessas obras, tornaram-se budistas, taoístas ou adeptos dos misticismos de outras correntes.
A partir daí surgiram outras teorias e metáforas para a interpretação da realidade, inspiradas em modelos holográficos e monistas, como a Hipótese Gaia, a Teoria do Campo Unificado e a Teoria das SuperCordas.
Todos esses esforços são tentativas de estabelecer uma ponte entre religião e ciência, criando uma nova era para a humanidade, baseada no princípio de que deve haver um conhecimento unificado, em correspondência à unidade da vida.